BS-Seq/バイサルファイト-seq/WGBS
BS-Seq/バイサルファイト-seq/WGBS
メソッドカテゴリー：エピゲノム>メチル化
説明： バイサルファイトシーケンス（BS-Seq）または全ゲノムバイサルファイトシーケンス（WGBS）は、ゲノムDNAのメチル化シトシンを検出するための定評のあるプロトコールです。この方法では、ゲノムDNAを亜硫酸水素ナトリウムで処理し、シーケンスすることで、ゲノム内のメチル化シトシンの単一塩基分解能が得られます。亜硫酸水素塩処理では、非メチル化シトシンはウラシルに脱アミノ化され、シーケンス時にチミジンに変換されます。同時に、メチル化シトシンは脱アミノ化に抵抗し、シトシンとして読み取られます。メチル化シトシンの位置は、処理済みシーケンスと未処理シーケンスを比較することで決定できます。DNAのバイサルファイト処理は、非メチル化シトシンをチミジンに変換し、シーケンスの複雑さを軽減します。非常に正確なディープシーケンスは、この複雑さの損失を軽減するのに役立ちます。
長所：
- ゲノム全体のCpGメチル化と非CpGメチル化は、単一塩基分解能でカバーされます
- 高密度領域、低密度領域、リピート領域の5mCをカバー
短所：
- バイサルファイトは、非メチル化シトシンをチミジンに変換し、配列の複雑さを軽減し、アライメントの作成を困難にします
- シトシンがチミジンに変換されるNPは、亜硫酸水素塩変換時に見逃される
- 亜硫酸水素塩変換では、5mCと5hmCは区別されません
関連コンテンツ
関連出版物
- BS-Seq：Feil R., Charlton J., Bird A. P., Walter J. and Reik W. (1994) Methylation analysis on individual chromosomes: improved protocol for bisulphite genomic sequencing. 核酸Res 22：695-696
- バイサルファイトシーケンス：Berman B. P., Weisenberger D. J., Aman J. F., Hinoue T., Ramjan Z., et al. （2012）結腸直腸がんにおける局所DNAの過剰メチル化と長距離の低メチル化の領域は、核の層状領域と一致しています。天然遺伝子44：40-46
- WGBS：Lister R., Pelizzola M., Dowen R. H., Hawkins R. D., Hon G., et al. （2009）塩基分解能のヒトDNAメチロームは、広範なエピゲノムの違いを示しています。Nature 462：315-322
引用：
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