NET-Seq
CIRS-Seq
CIRS-Seqは、哺乳類トランスクリプトームにおける二次RNA構造の複雑さを調べるために開発されました。CIRS-Seqは、DMSを使用してアデノシンのN1とシトシン残基のN3をメチル化し、CMCを使用してプソイドウリジンを選択的に修飾しますが、一本鎖構造にある場合のみです。これらのヌクレオチド残基の修飾はRTプロセスを停止させ、二次RNA構造の位置のマーカーとして切断cDNAを効果的に生成します。簡潔に述べると、細胞を溶解し、プロテイナーゼKで処理して、タンパク質結合RNAを解離し、RNA二次構造をそのまま残します。ライセートは、DMS、CMC、無処理の3つの異なる処理ラインに分けられます。3つの治療ラインすべてにおいて、ランダムプライマーを用いて全RNAを抽出し、逆転写します。得られたcDNAを単離し、シーケンスアダプターにライゲーションし、ハイスループットシーケンスを行います。DMSラインとCMCラインからのリードは二次RNA構造の位置を特定するのに使用され、対照はバックグラウンドノイズを低減するために使用されます。
長所：
- 二次RNA構造を正確に予測し、mRNAとncRNAの特徴を明らかにする
- シングルベース解像度を提供
- RBPの構造的要件を特定できる
短所：
- CMCおよびDMSは、非二次RNA構造と反応する場合があります
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