NET-Seq
Div-Seq
Div-Seqは、5-ethynyl-2’-deoxyuridine（EdU）標識を組み込んで、異なる細胞段階における分裂細胞を同定することで、Nuc-Seqを改善する単一核RNAシーケンス技術です。EdU標識は、FACS中の複雑な組織サンプルおよび希少細胞集団における異なる細胞タイプの同定も可能にします。簡潔に述べると、サンプルはin vivoでEdUで標識され、解剖され、単一核に分離される前に固定されます。個々の核には蛍光タグが付けられ、FACSで分類されます。このステップでは、Nuc-Seq法に従ってcDNA合成を行います。Smart-seq2プロトコールを使用してcDNA合成を行い、その間、cDNAライブラリーはTn5トランスポサーゼを介したタグメンテーションで調製します。
同様の方法：Nuc-seq、snRNA-seq
長所：
- 単一核のトランスクリプトームダイナミクスを追跡
- 希少細胞集団を検出
- 新鮮、凍結、固定サンプルタイプに対応
- EdU標識は、異なるタイプの分裂細胞と、細胞周期の現在の段階を偏りなく識別します
- 軽度の核解離技術により、プロテアーゼ介在性解離によく見られる遺伝子発現の変化を最小限に抑えます
短所：
- 細胞質RNAからの情報を除外