NET-Seq
icSHAPE
icSHAPEは、SHAPE-Seqとクリックケミストリーを組み合わせて単離を強化することで、in vivoでのRNA-タンパク質相互作用とm6A修飾の正確な予測を提供します。二次RNA構造は、NAI-N3と呼ばれるカスタム2-メチルニコチン酸イミダゾリド（NAI）プローブを追加することで修飾されます。修飾されたRNAは、銅フリーのクリックケミストリーによりジベンゾシクロオクシチン（DIBO）-ビオチンで選択的にマークされ、ストレプトアビジンプルダウンによる精製を可能にします。簡潔に述べると、NAI-N3はin vivoでRNAに添加され、DIBO-ビオチンタグ用に選択的にマークされます。細胞は溶解され、RNAはポリ（A）選択され、DIBO-ビオチンでタグ付けされ、断片化されます。RNA鎖はT4 PNKで3'末端修復され、3'アダプターにライゲーションされます。サイズ選択後、RNA鎖は逆転写され、RNAと一本鎖cDNAの両方がストレプトアビジンビーズ上に捕捉されます。循環およびPCR増幅の前に、別のcDNAサイズ選択ステップが実行されます。サンプルはNGSの準備ができています。
同様の方法：シェイプ-シーケンス
長所：
- RNA-タンパク質相互作用とm6A修飾をin vivoで正確に予測
- わずかな修正でex vivoアプリケーションに適用可能
- 化学修飾は、アデニンとシトシンのみを修飾するDMSとは異なり、すべてのヌクレオチドに適用されます
短所：
- 循環はさらなるバイアスをもたらす可能性がある