MAINE-Seq/Mnase-Seq/Nucleo-Seq
MAINE-Seq/Mnase-Seq
Micrococcal nuclease（MNase）はStaphylococcus aureusに由来し、クロマチン構造を決定するための最初の使用は1975年にさかのぼり、この手法が様々な方法で、ブドウ球菌ヌクレアーゼまたは核またはクロマチンのMicrococcalヌクレアーゼ消化と呼ばれました。1, 2 NGSの出現に伴い、MNase消化3がより人気を博し、MNase-Seqという用語がついに4に登場しました。ヌクレオソームシーケンス（MAINE-seq）5、6 Nucleo-Seq 7、およびNuc-seq 8のMNase支援単離という用語は一般的には使用されていません。目的のタンパク質に融合したMNaseは、in vivoで特定のゲノム座位を研究するためのカルシウム依存性切断にも使用されています（ChEC-seq）9。
MNase-Seqでは、gDNAはMNaseで処理されます。クロマチンタンパク質に結合したシーケンスは、MNase消化から保護されます。次に、DNA-タンパク質複合体からDNAを抽出し、シーケンスライブラリーを調製します。ディープシーケンスは、ゲノム内の制御性DNA結合タンパク質の位置を正確に表現します10。
長所：
- ヌクレオソームやその他のDNA結合タンパク質のマッピングが可能 11
- わずか約25 bpのサブヌクレオソーム粒子を保護できる12
- ゲノム内のさまざまな制御タンパク質の位置を同定
- 幅広い規制施設に対応
短所：
- MNase部位は全ゲノムを説明できない可能性がある
- AT依存性シーケンスバイアス 13
- 類似したタンパク質結合部位を同定し、区別するには、MNaseとChIPデータの統合が必要です
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- MAINE-Seq：Ponts N., Harris E. Y., Prudhomme J., Wick I., Eckhardt-Ludka C., et al. （2010）ヒトマラリア原虫におけるヌクレオソームのランドスケープと転写制御。ゲノムRes 20：228-238
- MNase-Seq：Schlesinger F., Smith A. D., Gingeras T. R., Hannon G. J. and Hodges E. (2013) De novo DNA demethylation and noncoding transcriptionは、活性遺伝子間制御要素を定義します。ゲノムRes 23：1601-1614
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