MBDCap-Seq/MethylCap-Seq/MBD-Seq/MBDCap/MiGS
MBDCap-Seq/MethylCap-Seq/MBD-Seq/MBDCap/MiGS
Methyl-CpG binding domain-based capture and sequencing（MethylCap 、MBD-Seq 、MBDCap-Seq 、MBDCap）またはMBD-isolated genome sequencing（MiGS）は、タンパク質を使用してゲノム内のメチル化DNAをキャプチャします。ゲノムDNAは最初にソニケーションされ、メチル化シトシンに結合できるタグ付きMBDタンパク質と共にインキュベートされます。次に、タンパク質-DNA複合体は、タンパク質タグに特異的な抗体結合ビーズで沈殿します。ディープシーケンスは、MBD結合メチル化DNAの大部分を表す、より大きなゲノムカバレッジを提供します。
長所：
- 高密度CpG領域およびリピート領域における5mCのゲノムワイドカバレッジ
- MBDタンパク質は5hmCと相互作用しない
短所：
- ゲノムワイドCpGおよび非CpGメチル化はカバーされません
- 密度の低い5mCの領域も見逃す
- ベースペアの解像度は、シングルベース解像度に比べて低い（～150 bp）
- タンパク質ベースの選択は、高メチル化領域に偏っています
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