MeDIP-Seq/DIP-Seq
MeDIP-Seq/DIP-Seq
メチル化DNA免疫沈降シーケンス（MeDIP-Seq）またはDNA免疫沈降シーケンス（DIP-Seq）は、5mCまたは5hmC変異の研究に一般的に使用されています。特定の抗体は、シトシン修飾の研究に使用できます。5mC特異的抗体を使用する場合、メチル化DNAは、免疫沈降によりゲノムDNAから分離されます。抗5mC抗体を断片化したゲノムDNAとインキュベートし、沈殿させた後、DNAを精製し、シーケンスを行います。ディープシーケンスは、免疫沈降されたメチル化DNAの大部分を表す、より広いゲノムカバレッジを提供します。
長所：
- CpGと非CpGの5mCをゲノム全体にわたってカバー
- 高密度領域、低密度領域、リピート領域の5mCをカバー
- 抗体ベースの選択はシーケンスに依存せず、抗体の特異性により5hmCは濃縮されません
短所：
- 塩基対解像度は、シングルベース解像度に比べて低い（～150 bp）
- 抗体の特異性と選択性は、非特異的な相互作用を避けるために検査する必要があります
- 抗体ベースの選択は、高メチル化領域に偏りがちです
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