NET-Seq
Nuc-Seq
Nuc-Seqは、凍結組織サンプルから核RNAを分離およびシーケンスするために最適化されたRNAシーケンス技術です。Nuc-Seqは、細胞からの核解離中のタンパク質分解処理を回避し、一般的なプロテアーゼ解離手順による遺伝子発現の変化を最小限に抑えます。このステップは、snRNA-seqで使用されているものと類似しています。次に、Smart-seq2はcDNA合成に使用され、テンプレートの切り替えメカニズムにより、全長cDNAの収量を増加させます。最後に、シーケンスライブラリーはTn5トランスポサーゼタグメンテーションを用いて調製します。
同様の手法：snRNA-seq、Div-Seq。
長所：
- 非タンパク質核解離は、核の単離中の遺伝子発現の変化を最小限に抑えます
- cDNA合成中のSmart-seq2のテンプレート切り替えメカニズムにより、完全長cDNA鎖の収量が増加
- FACS分離によりスループットが向上
- 凍結核のRNAは、細胞質RNAよりも優れたcDNA品質を提供します
- 凍結組織で使用可能
短所：
- 細胞質RNAからの情報を除く
- 低コピー転写産物は、単離されたヌクレオラーRNAの量が少ないため検出が困難です
- ncRNAおよびその他の短い非ポリ（A）RNA種は検出が困難