NET-Seq
疑似シーケンス
mNPseudo-Seqは、ハイスループットシーケンスを使用して、ncRNA内の偽尿道の拡張部位を単一ヌクレオチドの分解能で検出します。Pseudo-SeqはPSI-seqと非常に似ており、どちらの方法でもCMCを使用してプソイドウリジンを選択的に修飾し、逆転写を停止します。しかし、Pseudo-Seqは、ARTseqを使用する代わりに、PCR増幅および精製の前にcDNA鎖を循環させます。簡潔に述べると、ポリ（A）選択RNAは断片化され、CMCで処理されます。RNAはCIPおよびPNKで脱リン酸化され、サイズが選択されます。次に、3'アダプターをRNA鎖にライゲーションし、逆転写を開始します。CMC修飾プソイドウリジンから生じる短縮cDNAは、精製され、環状化され、PCR増幅されます。精製されたcDNAライブラリーはNGS法でシーケンスされます。
同様の方法：PSI-seq、Ψ-Seq、CeU-Seq。
長所：
- ncRNAの偽痘瘡部位を同定
- 単一ヌクレオチドの分解能を提供
- 最初のマッピングされた位置でのリードの、その位置1をカバーするリードの総数に対する比率を計算してピークを同定します
短所：
- 循環ステップはさらなるバイアスをもたらす可能性がある
- 科学界ではまだ広く採用されていない