NET-Seq
PSI-Seq
PSI-Seqは、ハイスループットシーケンスを使用して、プソイドウリジン部位を含むRNAシーケンスを同定します。PSI-Seqは、N-Cyclohexyl-N’-(2-morpholinoethyl)carbodiimide（CMC）を使用して、シュードウリジンを選択的に修飾し、逆転写を効果的に停止します。cDNAライブラリーはARTseq法で調製します。簡潔に述べると、サンプルはポリ（A）選択され、DNaseで処理され、断片化されます。CMCを添加して既存のプソイドウリジンを修飾し、RNAの3′末端をリンカーアダプターにライゲーションします。次に、RNA断片はcDNAに逆転写されますが、CMC修飾プソイドウリジンに遭遇すると、逆転写が停止します。20～80 ntのcDNA鎖が単離され、ハイスループットシーケンスの前にRibo-Seq/ARTseq法を使用してcDNAライブラリーに処理されます。
同様の方法：Pseudo-seq、Ψ-Seq、CeU-Seq。
長所：
- ncRNAの偽痘瘡部位を同定
- シングルベース解像度
- 回帰分析を使用して、処理済みライブラリーと模擬処理済みライブラリーの特定の位置のリードを比較します1
短所：
- 未報告