NET-Seq
構造-シーケンス/DMS-シーケンス
Structure-Seqは、in vivoまたはin vitroアプリケーション用のRNA構造を、単一ヌクレオチド分解能でプロファイリングします。この方法では、ペアではないアデニンとシトシンでDMSによって誘導される化学修飾を使用して二次RNA構造を同定します。
簡潔に述べると、サンプルは生体内で二次RNA構造をマークするためにDMSで処理されます。RNAは抽出され、ポリ（A）選択され、DNaseで処理されます。ランダムヘキサマーをプライマーとして使用し、逆転写を開始します。得られた一本鎖DNAは、一本鎖DNAリンカーにライゲーションされ、CircLigase酵素を使用して自己循環します。次に、DNAはPCR増幅され、サイズ選択され、シーケンスされます。
同様の手法：icSHAPE、Mod-Seq、DMS-seq、PARS、Frag-seq、dsRNA-Seq
長所：
- 単一ヌクレオチドの分解能でRNA構造のゲノムワイドプロファイリングを提供
- in vivoおよびin vitroアプリケーションに使用可能
- DMSは細胞透過性で、in vivoアプリケーションに使用できます
- 1つのRTプライマー合成で数万のRNA構造に関する情報を取得
- ランダムヘキサマープライマーが3'末端バイアスを最小化
短所：
- RBPはin vivoでDMS修飾をブロックできる
- 循環はさらなるバイアスをもたらす可能性がある
- 構造-シーケンス：Ding Y.、Tang Y.、Kwok C. K.、Zhang Y.、Bevilacqua P. C.、およびAssmann S. M. In vivoにおけるRNA二次構造のゲノムワイドプロファイリングにより、新たな規制上の特徴が明らかになりました。自然。2014;505:696-700
- プロトコール：Ding Y., Kwok C. K., Tang Y., Bevilacqua P. C. and Assmann S. M. Genome-wide profiling of in vivo RNA structure at single-nucleotide resolution using structure-seq. ナットの試作品 2015;10:1050-1066