トリブ
トリブ
TRIBEは、融合タンパク質を使用してRNAシーケンスを修飾することにより、in vivoでRBPのターゲットRNAシーケンスを同定します。融合タンパク質は、ターゲットRNAに結合する目的のRBPと、RNAに作用するアデノシンデアミナーゼ（ADAR）の触媒ドメインから構成され、シーケンス解析時にマーカーとして機能するように近位アデノシンをイノシンに不可逆的に修飾します。
まず、目的のRBPを持つ融合タンパク質を動物モデルにクローニングし、蛍光マーカータンパク質とともに発現させます。融合タンパク質の発現を活性化した後、オリゴ（dT）ビーズを使用して目的の細胞からmRNAを単離します。mRNAはポリ（dT）-T7プライマーとrandom-T7プライマーを使用して逆転写され、3'バイアスを減らします。新生cDNA鎖は、シーケンス用のcDNAライブラリーを生成するためにTruSeq RNA Library Prep Kitに入力されます。
長所：
- 特定の細胞タイプにおけるRBPのRNAターゲットのin vivo同定
- 抗体の特異性に限定されません
- 少数の特定の細胞で実施可能
短所：
- 融合タンパク質のアセンブリが必要
- RBP結合部位の近位にアデノシンが必要
- ADARの触媒ドメインは、二本鎖RNAを強く選好します