ショートリードで仕上げる染色体スケールのゲノムアセンブリ【iSchool プロフェッショナル】

ショートリードで仕上げる染色体スケールのゲノムアセンブリ【iSchool プロフェッショナル】

理化学研究所<br>生命機能科学研究センター<br>工樂 樹洋 先生
Topic: Agrigenomics

動植物などある程度大きく複雑なゲノムのde novoシークエンスでは、ロングリードを駆使したとしても、繋がった配列の数やサイズが染色体相当にまとまることはほぼあり得ない。近年、クロマチン動態を調べるための方法として以前から使用されていたHi-Cが、染色体スケールのゲノムスキャフォルディングに盛んに利用されるようになってきた。本ウェビナーでは、Hi-Cを用いたゲノムスキャフォルディングについて、自身の研究室内でサンプルプレップからスキャフォルディングまでを運用してきた実績に基づいて、丸投げタイプの受託や有償キットを利用した場合と比較しながら、効率的な活用方法を吟味する。



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