de novoシリーズ:非モデル生物のRNA-seq解析 -- 実験デザインから解析パイプラインまで【イルミナiSchool プロフェッショナル】

de novoシリーズ:非モデル生物のRNA-seq解析 -- 実験デザインから解析パイプラインまで【イルミナiSchool プロフェッショナル】

重信 秀治 先生, 基礎生物学研究所 生物機能解析センター
Topic: Sequencing : Customer

次世代DNAシークエンサーによって、非モデル生物のゲノム・遺伝情報へのアクセスは飛躍的に容易になりつつある。ゲノムが未知であっても、イルミナのショートリードをde novo アセンブルすることによりトランスクリプトームのかなりの部分を網羅することが可能である。得られたアセンブルは発現比較解析、多型探 索、プロテオーム解析用データベース、分子進化解析など多様な用途に利用できる。


近年のシークエンスコストの低下とインフォマティクス技術の進歩により、de novo RNA-seqは費用対効果が極めて高い技術となっている。本講演では、非モデル生物のRNA-seq解析の一連の流れを、実験デザインから、ライブラリ作製、インフォマティクスのパイプラインまで概説する。



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