2b-RAD

2b-RAD

2b-RADはddRadseqに似ていますが、認識部位の上流と下流で切断するIIB型制限酵素(BsaXIまたはAlfI)を使用します。これにより、ターゲットゲノムは33 bp(BsaXI)または36 bp(Alfl)の一定長の多数のDNA断片に断片化されます。これらの短いDNA断片をシーケンスして、遺伝的バリアントを決定することができます。

この方法では、ゲノムDNAはまず制限酵素(BsaXI)で消化され、部分的(NNN)オーバーハングを持つアダプターが断片にライゲーションされます。異なるサンプルからのアダプターライゲーション断片が組み合わされ、断片が増幅されます。

長所:
  • 高度に還元された2b-RADライブラリーは、正確なジェノタイピングのためにはるかに少ないシーケンスしか必要としません
  • マーカーの高密度化
  • 暫定的な精製ステップが不要で、損失と処理時間を短縮
短所:
  • リファレンスゲノムが必要
  • 短いタグは、複雑なゲノムにおける効率的な遺伝子座の識別に十分な長さではない可能性があります