3P-Seq
3P-Seq
シーケンス（3P-Seq）によるポリ（A）位置プロファイリングは、mRNA中の3'-UTRの同定に使用されます。Poly(A)選択は、mRNAを全RNAから分離するために使用され、ビオチン化スプリントプライマーはアニーリングされ、mRNA poly(A)テールの末端にスプリントライゲーションされます。RNAプライマー複合体は、RNase T1によって部分的に消化され、ストレプトアビジンに結合し、洗浄して3'断片を精製します。ポリ（A）テールの3'末端に対応するプライマーをアニーリングし、デオキシチミジン三リン酸（dTTP）を唯一のdNTPとして逆転写して、ポリ（A）テールに相補的なcDNA鎖を生成します。ビオチン結合ポリ（A）RNA断片は、RNase H消化によって放出され、精製されます。次に、P7およびP5アダプターがRNA断片に付着し、逆転写されてcDNA断片を生成します。
長所：
- UTRアイソフォームの発見に高い信頼性
- poly(A)キャプチャーにスプリントライゲーションプライマーを使用することでポリメラーゼの滑りを防止
- 内部プライミングを防止し、ポリ（A）RNAの3'末端に特異的
短所：
- 大量のRNAが必要
- 技術的に実行が難しい
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