3Seq
3Seq
3'-end Sequencing for Expression Quantification（3Seq）は、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織サンプルから高度に分解されたmRNAを単離し、ゲノム全体の定量的な発現解析を行うことができます。まず、ポリ（A）選択によりmRNAを全RNAから単離します。次に、オリゴ（dT）-P7 RTプライマーをmRNA断片の3'末端にアニーリングして、逆転写（RT）を介して最初のcDNA鎖を合成します。2番目のcDNA鎖は1番目の鎖から生成され、P5アダプターはP7アダプターの反対側の端でライゲーションされます。アダプターを含む断片はPCRによって増幅され、シーケンスの準備が整います。3Seqは、新鮮凍結組織サンプルにも使用できます。
長所：
- FFPEまたは新鮮凍結組織サンプルから高度に分解されたmRNAのシーケンス
短所：
- 高い内部プライミング率
- ポリ（A）テールのホモポリマー性は、多くの場合、ポリメラーゼのスリップを引き起こします
- Guo X., Forgo E. and van de Rijn M. (2015) 3’末端RNAシーケンスによる平滑筋肉腫の分子サブタイピング。ゲノムデータ5：366-367
- Wei G., Luo H., Sun Y., Li J., Tian L., et al. （2015）食道扁平上皮がんのトランスクリプトームプロファイリングにより、腫瘍抑制因子として作用する長いノンコーディングRNAが明らかになりました。腫瘍ターゲット6：17065-17080
- Nussbacher J. K., Batra R., Lagier-Tourenne C. and Yeo G. W. (2015)神経変性におけるRNA結合タンパク質：Seqとあなたは受け取ります。Trends Neurosci 38：226-236