4-C /4C-Seq
4-C /4C-Seq
4C は、4C-seq とも呼ばれ、3Cに似た方法で、円形3Cとも呼ばれます。これにより、特定の関心領域と相互作用するすべてのゲノム領域の偏りのない検出が可能になります。この方法では、DNA-タンパク質複合体はホルムアルデヒドを使用して架橋されます。サンプルは断片化され、DNAはライゲーションされ消化されます。得られたDNA断片は自己循環し、その後に逆PCRとシーケンスが続きます。ディープシーケンスでは、ライゲーションされた断片の塩基対分解能が得られます。
長所：
- 個々のゲノム部位のDNA接触プロファイルを評価するための推奨戦略
- 再現性の高いデータ
短所：
- 関心領域からの局所的な相互作用（<50 kb）を見逃す
- 大きな円が効率的に増幅されない
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