4sUDRB-Seq
4sUDRB-Seq
4sUDRB-Seqは、4-チオウリジン（4-SU）とDRBを用いてゲノム全体の開始頻度とRNA伸長率を調査します。まず細胞をDRBで処理し、RNA伸長を阻害し、TSSでRNAPIIを阻止します。細胞を溶解し、DRBを洗浄し、すぐに4-SUでインキュベートして、新たに転写されたRNA分子を標識します。ビオチンを添加して4-SUと結合し、その後、ストレプトアビジンビーズを用いてタグRNAを捕捉します。ビオチン化RNA断片は、TruSeq RNA Library Preparation Kitのプロトコールに従って溶出され、シーケンス用に調製されます。
長所：
- RNA伸長率と転写開始率を同時に測定
- シーケンスリードは転写波全体で動的に動作し、転写開始率を正確に決定するのに有用1
- シーケンスに関する以前の知識は必要ありません
短所：
- 4sUの毒性が高いと、伸長速度が遅くなり、実験が衰弱する可能性があります1
- RNA pol IIの能動的な伸長へのゲノムワイドな移行の測定は、必要なシーケンス深度が高いため、コスト効率が悪い可能性があります1
- ダイナミックシーケンスリードは転写産物の同定を困難にします1
- 培養細胞に限定
- 4sUDRB-Seq：Fuchs G., Voichek Y., Benjamin S., Gilad S., Amit I., et al. (2014) 4sUDRB-seq : Measurement genomewide transcriptional elongation rate and initiation frequency within cells. ゲノムバイオル15：R69
- 1. Fuchs G., Voichek Y., Rabani M., Benjamin S., Gilad S., et al. （2015）4sUDRB-seqによるゲノムワイドな転写伸長速度とRNAポリメラーゼIIの能動的伸長への移行率の同時測定。Nat Protoc 10：605-618
- Rabani M., Raychowdhury R., Jovanovic M., et al. 高解像度シーケンスとモデリングにより、異なるダイナミックRNA規制戦略を同定します。セル。159:1698-1710
- Duffy E. E., Rutenberg-Schoenberg M., Stark C. D., Kitchen R. R., Gerstein M. B. and Simon M. D. Tracking Distinct RNA Populations Using Efficient and Reversible Covalent Chemistry. モルセル。2015;59:858-866
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- Zhang Y., Xue W., Li X., et al. ナセントサーキュラーRNAの生物発生。Cell Rep. 2016;15:611-624
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- Fuchs G., Rosenthal E., Bublik D.-R., Kaplan T. and Oren M. Gene body H2B monoubiquitylationは、遺伝子選択的なRNAポリメラーゼIIの一時停止放出を制御し、転写伸長の速度制限ではありません。 bioRxiv. 2015年、