BruChase-Seq
BruChase-Seq
BruChase-Seqでは、ブロモウリジンタグを用いて、初期RNA転写産物の相対安定性をマッピングおよび定量化します。RNAPIIは、Br-UTPの存在下でRNAを合成します。タグなしのウリジンを添加し、高いターンオーバー率のRNAからブロモウリジンを追い出します。長寿命RNA転写産物はタグ付けされたままになります。タグ付きRNA転写産物は、抗BrdU抗体でコーティングされた磁気ビーズを使用して、全RNAから免疫分離されます。キャプチャーしたRNA転写産物は、RTおよびPCR増幅によるcDNA鎖の合成前に溶出および断片化されます。得られたcDNA鎖は、Illumina TruSeq RNA Library Prep Kitを用いてシーケンス用に調製されます。
長所：
- ブロモウリジンを用いたパルスチェースによりRNA安定性を判定
- ナンセンス変異とフレームシフト変異を予測1
- ゲノム上のあらゆる場所で転写を検出
- 転写部位の事前知識は必要ありません
短所：
- 標識ヌクレオチドの存在下でのインキュベーションの必要性から、細胞培養およびその他の人工システムに限定