NET-Seq
CirSeq
CirSeqは、RNAウイルスの超希少および低頻度の遺伝子変異を正確に同定します。この方法では、断片化したウイルスRNAの循環化に固有のステップを使用し、続いてローリングサークルRTを使用します。、CirSeqは、タンデムリピートシーケンスを互いにアライメントし、インフォマティクスツールを使用してそれらのリードを除外することで、増幅ステップ中に導入された変異を補正します。まず、Zn 2+を用いて一本鎖RNAを断片化し、シーケンスリード長の3分の1以下にサイズを選定します。次に、ランダムプライマーを用いて循環させ、逆転写します。ローリングサークルRTは、タンデムリピートcDNA鎖の生成に使用されます。一本鎖cDNAは増幅され、二本鎖cDNAを生成し、続いて末端修復、ポリ（A）テーリング、アダプターライゲーションを行います。cDNAライブラリーはシーケンスの準備ができました。
長所：
- RNAウイルスの超希少および低頻度の遺伝子変異を検出
- ローリングサークルRTは、人工変異の補正に使用できるタンデムリピートcDNAを作成します
- 報告されたエラー率は、標準的なRNAウイルスシーケンス法で観察されたエラー率よりもはるかに低い
短所：
- 全プロセスに約5日かかります
- 大量の精製ウイルスRNAを必要とするため、臨床分離株のシーケンスには適していません
- ウイルスRNAのde novoシーケンスには該当しません