cP-RNA-Seq
cP-RNA-Seq
2',3'-cyclic phosphate (cP) RNA sequencing (cP-RNA-Seq)は、cPで保護されたRNA種を3'末端で分離およびシーケンスする手法で、通常はアダプターライゲーションを防ぎます。研究者は、ヒト乳がん細胞で性ホルモン依存性tRNA由来RNA（SHOT-RNA）を生成するトランスファRNA（tRNA）種を同定するためにこの技術を最初に開発しましたが、3'末端でcPによって保護されている他のRNA種に使用することができます。1
サンプルからの全RNAを単離し、目的の長さにゲル精製します。この混合物には、3'ヒドロキシ、3'リン酸、および3'-cPを含むRNA種が含まれています。ホスファターゼ処理は、5'末端および3'末端からリン酸塩を除去します。その後、RNAをペリオダートで処理して、3'-ヒドロキシル末端を2'3'-ジアルデヒドに切断し、3'-cP末端はそのまま残します。3'末端に2'3'-ジアルデヒドを持つRNA鎖は、アダプターライゲーションに対して不活性です。3'-cPを持つ鎖は、T4ポリヌクレオチドキナーゼ（PNK）で切断され、シーケンスアダプターにライゲーションされます。アダプターで両端に面した後、RNA鎖は逆転写され、増幅され、精製され、シーケンスされます。
長所：
- cPで保護されたRNA種の選択的単離、増幅、シーケンス
- 遺伝子組換えtRNAリガーゼと複数のゲル精製を使用した以前の方法と比較して、効率と特異性が大幅に向上 2
短所：
- 偽陽性は、植物miRNA、植物および動物の短い干渉RNA（siRNA）、動物のPIWI相互作用RNA（piRNA）などの2'-O-メチルリボース修飾でRNA種をシーケンスする場合に生じます。これは、ペリオダート切断特異性が原因です3
- cP-RNA-Seq：Honda S., Morichika K. and Kirino Y. (2016) cP-RNA-seq法による環状リン酸含有RNAの選択的増幅とシーケンス。ナットプロトック11：476-489
- 1. Honda S., Loher P., Shigematsu M., Palazzo J. P., Suzuki R., et al. （2015）性ホルモン依存性tRNAの半分は、乳がんや前立腺がんの細胞増殖を促進します。Proc Natl Acad Sci U S A 112：E3816-3825
- 2. Honda S.、Morichika K.、Kirino Y。cP-RNA-seq法による環状リン酸含有RNAの選択的増幅とシーケンス。ナットの試作品 2016;11:476-489
- 3. Honda S.、Morichika K.、Kirino Y。cP-RNA-seq法による環状リン酸含有RNAの選択的増幅とシーケンス。ナットの試作品 2016;11:476-489