CPT-Seq
CPT-Seq
連続性保持トランスポジション（CPT-seq）とコンビナトリアルインデックスに基づくゲノムワイドハプロタイピング。Tn5トランスポジションは、連続性を維持しながらアダプター配列とインデックス配列でDNAを修飾するために使用されます。DNAの希釈とコンパートメント化の後、トランスポサーゼを除去し、DNAを個別にインデックス化したライブラリーに分離します。各コンパートメントのライブラリーは、隣接するゲノム要素に対して濃縮され、PCRによってさらにインデックス化されます。トランスポジションとPCRの両方の段階におけるコンビナトリアル96プレックスインデックスにより、約10,000の仮想コンパートメントからフェーズ化された合成リードを構築できます。
長所：
- 高いインデックスと効率
- FragScaffは、CPT-seqデータから大きなゲノムを足場に格納するのに非常に効果的です1
- 物理コンパートメントあたりの仮想コンパートメントの有効数は多いため、MDAに関連する増幅バイアスを回避できる可能性があります2
短所：
- この方法は広く採用されていない
- CPT-Seq：Amini S., Pushkarev D., Christiansen L., Kostem E., Royce T., et al. （2014）連続性保持トランスポジションとコンビナトリアルインデックスによるハプロタイプ分解全ゲノムシーケンス。天然遺伝子46：1343-1349
- 1. Kuleshov V., Snyder M. P. and Batzoglou S. (2016) 合成ロングリード雲からのゲノムアセンブリ。バイオインフォマティクス32：i216-i224
- 2. Cao C.-c. and Sun X. (2016) Combinatorial Pooled Sequence：実験デザインとデコーディング。定量的生物学4：36-46
- Amini S., Pushkarev D., Christiansen L., Kostem E., Royce T., et al. （2014）連続性保持トランスポジションとコンビナトリアルインデックスによるハプロタイプ分解全ゲノムシーケンス。天然遺伝子46：1343-1349
- Mostovoy Y., Levy-Sakin M., Lam J., Lam E. T., Hastie A. R., et al. （2016）de novoヒトゲノムシーケンスのアセンブリとフェージングのためのハイブリッドアプローチ。ネイティブメソッド13：587-590
- Snyder M. W., Adey A., Kitzman J. O. and Shendure J. (2015) Haplotype-resolved genome sequencing: experimental methods and applications. Nat Rev Genet 16：344-358