Digenome-Seq
Digenome-Seq
ゲノムワイドなCas9-digested全ゲノムシーケンス。 Cas9 マルチプレックスバージョンも公開されています。HTGTS、LAM-HTGTS、およびGuide-seqなどのメソッドファミリーに属し、CRISPR/Cas9およびその他のRNA誘導操作ヌクレアーゼ（RGEN）のオフターゲット効果の検出を目的としています。
この方法では、インビトロヌクレアーゼで消化されたゲノム（ジゲノム）のシーケンスにより、バルク細胞集団のRGENによって誘発されるオフターゲット変異を検出します。これらの消化物は、同じ5′末端を持つ多くのDNA断片を産生する必要があり、これにより、切断部位で垂直に整列したシーケンスリードが生じます。
長所：
- 結合ではなくDNA切断に依存
- ゲノムコンテキストで実施し、DNA/RNAバルジのある部位をキャプチャします
- オフターゲットは0.1%以下の頻度で検出できます1
短所：
- in vivoでの切断の確認が必要
- バイオインフォマティクス解析の高度なスキル要件2
- Digenome-Seq：Kim D., Bae S., Park J., Kim E., Kim S., et al. （2015）Digenome-seq：ヒト細胞におけるCRISPR-Cas9オフターゲット効果のゲノムワイドプロファイリング。Nat法12：237～243、231 p、243に続く
- 1. Mei Y., Wang Y., Chen H., Sun Z. S. and Ju X. D. (2016) CRISPR/Cas9 Technologyにおける最近の進歩。J Genet Genomics 43：63-75
- 2. Hu J., Meyers R. M., Dong J., Panchakshari R. A., Alt F. W., et al. （2016）線形増幅によるハイスループットゲノムワイド転座シーケンスによる哺乳類ゲノムのDNA二本鎖切断の検出。ナットプロトック11：853-871
- Kim D., Kim J., Hur J. K., Been K. W., Yoon S. H., et al. （2016）ゲノムワイド解析により、ヒト細胞におけるCpf1エンドヌクレアーゼの特異性が明らかになりました。天然バイオテクノール
- Lee C. M., Cradick T. J., Fine E. J. and Bao G. (2016) Nuclease Target Site Selection for Maximizing On-target Activity and Minimizing Off-target Effects in Genome Editing. Mol Ther 24：475-487
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