サイエンスと学習

DNase-Seq/DNasel-Seq

DNase-Seq/DNasel-Seq

DNase Iフットプリントは、1978年に初めて発表され、サンガーシーケンスとNGSの両方に先行しています。最初に発表されたNGSでの使用は、Boyleらによって発表され、後にシーケンス1用に最適化されました。高感度プロトコールも利用できます（scDNase-seq）2。

この方法では、DNA-タンパク質複合体をDNase lで処理した後、DNA抽出とシーケンスを行います。制御タンパク質に結合したシーケンスは、DNase l消化から保護されます。ディープシーケンスは、ゲノム内の制御タンパク質の位置を正確に表現します。このアプローチのバリエーションでは、DNA-タンパク質複合体は、DNase I消化前のホルムアルデヒド架橋によって安定化されます。DNA精製前に架橋を逆にします。GeF-seqと呼ばれる別の修飾では、架橋とDNase I消化の両方が、透過化細胞内でin vivoで実行されます3。

長所：
  • “オープン”クロマチン4を検出可能
  • シーケンスや結合タンパク質の事前知識は必要ありません
  • ホルムアルデヒドによる制御エレメントの分離やシーケンス（FAIRE-seq）と比較して、プロモーターでは感度が高くなります5
短所：
  • DNase lは配列特異的であり、高感度部位はゲノム全体を考慮しない可能性があります6
  • 複数の精製ステップによるDNAの喪失により感度が制限される 7
  • DNase IとChIPデータの統合は、類似したタンパク質結合部位を同定し、区別するために必要です
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