DR-Seq
DR-Seq
gDNA-mRNAシーケンス（DR-Seq）は、シーケンスを介して単一細胞のゲノムおよびトランスクリプトーム関係を研究します。物理的分離前の核酸増幅により、サンプルの損失と汚染のリスクを低減します。DR-Seqには、MALBACに類似したクアシリニア増幅法を含む複数の増幅ステップが含まれます。
まず、Ad-1xアダプターを用いたポリdTプライマーを使用して溶解した単一細胞からmRNAを逆転写し、一本鎖cDNA（sscDNA）を生成します。Ad-1xアダプターシーケンスには、細胞識別バーコード、5'イルミナアダプター、T7プロモーターが含まれます。その後、gDNAとsscDNAの両方が、Ad-2プライマーを用いたクアシリニア全ゲノム増幅によって同時に増幅されます。これらのプライマーはMALBACアダプターに類似しており、ランダムプライミング用の8つのランダムヌクレオチドシーケンスと、5'末端の定常的な27ヌクレオチドタグが含まれています。この増幅ステップの産物は2に分けられます。半数はゲノムシーケンス用に調製され、gDNAはPCRで増幅され、DNAライブラリー調製とシーケンスの前にAd-2アダプターから解放されます。残りの半分はトランスクリプトームシーケンスに使用され、ここでcDNAはin-vitro転写によって合成および増幅されます。得られたRNA産物は、Ad-1xとAd-2に隣接するcDNA断片からのみ産生され、gDNA断片の増幅を抑制します。RNAライブラリーは、イルミナの低分子RNAプロトコールに従ってシーケンス用に調製されます。同じ細胞からのgDNAとmRNAのシーケンスは、ゲノムとその発現レベルの間の情報を保存します。
長所：
- シングルセルからゲノムとトランスクリプトームの挙動を調査
- 分離前の増幅により、サンプルの損失と汚染を低減
- 重複リードの削除に使用される長さベースの識別子
- Quasilinear増幅はPCRバイアスを低減します
短所：
- 手動シングルセル分離によりハイスループットの適応を防止
- Quasilinear増幅は温度に敏感です
- RNAリードは3'末端バイアス1