FAIRE-Seq/Sono-Seq
FAIRE-Seq/Sono-Seq
FAIRE-seqとSono-Seqは、DNAとヌクレオソームまたは配列特異的DNA結合タンパク質間の架橋効率の違いに基づいています。この方法では、DNA-タンパク質複合体はホルムアルデヒドを用いて生体内で短時間架橋されます。次に、サンプルを溶解し、超音波処理します。フェノール/クロロホルム抽出後、水相のDNAを精製しシーケンスします。シーケンスは、ヒストンが占有していないDNA領域に関する情報を提供します。
長所：
- シンプルで再現性の高いプロトコール
- 抗体が不要
- DNaseやMNaseなどの酵素を必要としないため、酵素処理に必要な最適化や追加ステップを回避
- シングルセル懸濁液や核分離が不要であるため、組織サンプルでの使用に容易に適応できます1
短所：
- DNAに結合した制御タンパク質を同定できない
- DNase-Seqは、高度に発現している遺伝子のヌクレオソーム除去プロモーターを同定するのに適している可能性があります2
- FAIRE-Seq：Giresi P. G. and Lieb J. D. (2009) FAIRE（Formaldehyde Assisted Isolation of Regulatory Elements）を用いた真核生物クロマチンからの活性な調節エレメントの単離。方法48：233-239
- FAIRE-Seq：Hogan G. J., Lee C. K. and Lieb J. D. (2006) Cell cycle-specified fluctuation of nucleosome occupancy at gene promoters. PLoS Genet 2：e158
- Sono-Seq：Auerbach R. K., Euskirchen G., Rozowsky J., Lamarre-Vincent N., Moqtaderi Z., et al. （2009）Sono-Seqを使用したアクセス可能なクロマチン領域のマッピング Proc Natl Acad Sci U S A 106：14926-14931
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