ガイド-シーケンス
ガイド-シーケンス
GUIDE-seqは、DSBへの二本鎖オリゴデオキシヌクレオチド（DSO）の統合に依存しています。HTGTS、LAM-HTGTS、Digenome-seqなどの一連の手法に属し、CRISPR/Cas9やその他のRNA誘導性ヌクレアーゼ（RGN）のオフターゲット効果を検出することを目指しています。RGN誘発性DSBは、生体ヒト細胞のゲノムに鈍端DSOを統合させることでタグ付けされます。DSO統合部位は、偏りのない増幅とNGSによりヌクレオチドレベルでゲノムに正確にマッピングされます。
長所：
- 生きたヒト細胞におけるRGNのグローバルな特異性のランドスケープを生成できる
- ターゲットシーケンスによりコストを削減
短所：
- 一部のターゲットを見逃す可能性がある 1
- ガイド-シーケンス：Tsai S. Q., Zheng Z., Nguyen N. T., Liebers M., Topkar V. V., et al. （2015）GUIDE-seqは、CRISPR-Casヌクレアーゼによるオフターゲット切断のゲノムワイドプロファイリングを可能にします。Nat Biotechnol 33：187-197
- 1. Kim D., Kim S., Kim S., Park J. and Kim J. S. (2016) マルチプレックスDigenome-seqによって明らかになったCRISPR-Cas9ヌクレアーゼのゲノムワイドなターゲット特異性。ゲノムRes 26：406-415
- Hu J., Meyers R. M., Dong J., Panchakshari R. A., Alt F. W., et al. 線形増幅によるハイスループットゲノムワイド転座シーケンスによる哺乳類ゲノムのDNA二本鎖切断の検出。ナットの試作品 2016;11:853-871
- Lee C. M., Cradick T. J., Fine E. J. and Bao G. Nuclease Target Site Selection for Maximizing On-target Activity and Minimizing Off-target Effects in Genome Editing. Mol Ther。2016;24:475-487
- Kleinstiver B. P., Tsai S. Q., Prew M. S., et al. ヒト細胞におけるCRISPR-Cas Cpf1ヌクレアーゼのゲノムワイドな特異性。Nat Biotechnol. 2016年
- Kleinstiver B. P., Pattanayak V., Prew M. S., et al. ゲノムワイドなオフターゲット効果を検出できない、忠実度の高いCRISPR-Cas9ヌクレアーゼ。自然。2016;529:490-495
- Yin H., Song C. Q., Dorkin J. R., et al. In vivoにおけるCRISPRシステムコンポーネントのウイルスと非ウイルスの混合送達による治療的ゲノム編集。Nat Biotechnol. 2016;34:328-333
- Bolukbasi M. F., Gupta A., Oikemus S., et al. DNA結合ドメイン融合は、Cas9のターゲット範囲と精度を向上させます。Nat Methods. 2015;12:1150-1156
- Friedland A. E., Baral R., Singhal P., et al. Staphylococcus aureus Cas9の特性評価：オールインワンのアデノ随伴ウイルスの送達とペアのニカーゼアプリケーションのための小さなCas9。ゲノムバイオル。2015;16:257
- Kleinstiver B. P., Prew M. S., Tsai S. Q., et al. PAM認識を修正することで、黄色ブドウ球菌CRISPR-Cas9のターゲット範囲を広げます。Nat Biotechnol. 2015;33:1293-1298
- Doench J. G., Fusi N., Sullender M., et al. CRISPR-Cas9の活性を最大化し、オフターゲット効果を最小限に抑えるために最適化されたsgRNAデザイン。Nat Biotechnol. 2016;34:184-191
- Yin H., Song C. Q., Dorkin J. R., Zhu L. J., Li Y., et al. In vivoにおけるCRISPRシステムコンポーネントのウイルスと非ウイルスの混合送達による治療的ゲノム編集。Nat Biotechnol. 2016;34:328-333
- Chari R.、Mali P.、Moosburner M.、Church G. M. Unraveling CRISPR-Cas9ゲノムエンジニアリングパラメーターをライブラリー・オン・ライブラリーアプローチで取得。Nat Methods. 2015;12:823-826
- Kleinstiver B. P., Prew M. S., Tsai S. Q., et al. 改変PAM特異性を持つ改変CRISPR-Cas9ヌクレアーゼ。自然。2015;523:481-485