MAB-Seq
MAB-Seq
MAB-seqでは、塩基分解能で5fCと5caCの両方を同時に定量的にマッピングできます。この方法は、直接5caCマッピングの手法であるcaMAB-seqを補完するものです。
DNAメチルトランスフェラーゼは、Cを修飾して5mCを生成し、その後、5mC-modifying酵素の10-11転座（TET）ファミリーによって酸化され、5hmC /5fC/5caCを生成することができます。高酸化シトシン誘導体である5fCおよび5caCは、チミンDNAグリコシラーゼ（TDG）および塩基除去修復（BER）によって修復され、未修飾Cを再生します。
長所：
- CpGダイアド内の5fC /5caCの存在量を定量的に測定できる場合があります
短所：
- 5fC /5caCを非CpGコンテキスト内で非修飾Cと区別できない
- Aijo T., Huang Y., Mannerstrom H., Chavez L., Tsagaratou A., et al. （2016）DNA修飾の定量化のための確率的生成モデルにより、脱メチル化経路の解析が可能になります。Genome Biol 17：49
- Neri F., Incarnato D., Krepelova A., Parlato C. and Oliviero S. (2016) Methylation-assisted bisulfite sequencing to simultaneously map 5fC and 5caC on the genomewide scale for DNA demethylation analysis. Neri F., Incarnato D., Krepelova A., Parlato C. and Oliviero S. (2016) Methylation-assisted bisulfite sequencing to simultaneously map 5fC and 5caC on DNA demethylation analysis. ナットプロトック11：1191-1205
- Neri F., Incarnato D., Krepelova A., Rapelli S., Anselmi F., et al. （2015）5-Formylおよび5-Carboxylシトシンの単一塩基分解能解析により、プロモーターDNAメチル化ダイナミクスが明らかになりました。セルレップ10：674-683