MALBAC
MALBAC
マルチアニーリングおよびループベースの増幅サイクル（MALBAC）は、MDAの欠点の一部に対処することを目的としています。この方法では、MALBACプライマーはDNAテンプレートにランダムにアニーリングします。高温で変位活性を持つポリメラーゼはテンプレートを増幅し、セミアンプリコンを生成します。増幅とアニーリングのプロセスが繰り返されると、セミアンプリコンは、5’末端に相補的な3’末端を持つフルアンプリコンに増幅されます。その結果、フルアンプリコン末端がハイブリダイズしてループ構造を形成し、ループ状アンプリコンのさらなる増幅を阻害し、一方でセミアンプリコンとゲノムDNAのみが増幅を受けます。フルアンプリコンシーケンスのディープシーケンスはリードの正確な表現を可能にし、シーケンス深度はコンセンサスシーケンスのアライメントを改善します。
長所：
- 大きなテンプレートのシーケンスが可能
- 出発物質が非常に少ないサンプルに対してシングルセルシーケンスまたはシーケンスを実施できる
- フルアンプリコンループによりテンプレートの過剰表示を抑制し、PCRバイアスを低減
- GCに富む領域を増幅できる
- 均一なゲノムカバレッジ
- MDAと比較して低いアリルドロップアウト率
短所：
- ポリメラーゼはPhi 29と比較して比較的エラーを起こしやすい
- 温度に敏感なプロトコール
- ゲノムカバレッジは最大90%ですが、ゲノムの一部の領域は一貫して過小評価されています
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