NET-Seq
MARS-Seq
MARS-Seqは、自動で超並列なワークフローで、高解像度で単一細胞の転写動態をプロファイリングします。MARS-Seqは、さまざまな細胞亜集団を含むin vivoサンプルで使用できます。FACSを用いて、最初にシングルセルを個別のウェルに分離します。各細胞を溶解し、mRNAの3'末端をT7プロモーターを含む固有の分子識別子にアニーリングします。mRNAを逆転写して最初のcDNA鎖を生成し、エキソヌクレアーゼIで処理して残ったRTプライマーを除去します。次に、細胞溶解物を一緒にプールし、二本鎖cDNAに変換します。DNA鎖をRNAに転写し、DNaseで処理して、混合物中の残ったDNAテンプレートを除去します。RNA鎖は断片化され、シーケンスアダプターにアニーリングされ、その後RTによってシーケンスの準備が整ったバーコード付きcDNAライブラリーが生成されます。
同様の方法：CEL-Seq, Quartz-Seq, Drop-seq, CytoSeq, inDrop.
長所：
- シングルセルのハイスループット転写プロファイリング
- 何千もの細胞の生体内サンプリング
- 3つのバーコードレベル（分子、セルラー、プレートレベルのタグ）により、堅牢なマルチプレックス機能を促進
- 100～1000個のシングルセルを処理
- すべての単一セルを1つのフローセルにプーリングすることで、1セルあたり50セント未満にコストを削減1
短所：
- 精製ステップ中に3'バイアスが発生する可能性があります
- 断片化ステップにより鎖固有の情報が除去される2
- MARS-Seq：Jaitin D. A., Kenigsberg E., Keren-Shaul H., et al. マーカーフリーの組織から細胞型への分解のための、大規模並列シングルセルRNA-seq。Science. 2014;343:776-779
- 1. Jaitin D. A.、Keren-Shaul H.、Elefant N.、Amit I。各細胞数：シングルセルゲノミクスの時代における造血と免疫の研究。セミナー免疫 2015;27:67-71
- 2. トランスクリプトーム解析用のHrdlickova R.、Toloue M.、Tian B. RNA-Seqメソッド。Wiley Interdiscip Rev RNA。2016年、