MiR-CLIP
MiR-CLIP
miR-CLIPは、合成miRNAを用いてmiRNAのmRNAターゲットを同定するために開発されました。miR-CLIPのキャプチャープローブは、ソラレンとビオチンを結合させたプレmiRNAで、mRNAと架橋してターゲットをトータルRNAから分離することができます。
まず、miR-CLIPキャプチャープローブを設計し、機能性と強い結合親和性をテストする必要があります。次に、細胞にトランスフェクトされ、254 nmおよび365 nmでUV架橋され、架橋複合体の免疫沈降が行われます。RNAを抽出し、ストレプトアビジンプルダウンによりさらに精製します。これで、単離されたRNAターゲットを逆転写し、シーケンス用のcDNAライブラリーに処理できるようになりました。
長所：
- ゲノムワイドなmiRNAのターゲットを同定
- キャプチャープローブのmiRNAシーケンスは、さまざまなmiRNA種を調べるために簡単に修正できます
短所：
- まだ科学界で広く採用されていない
- miRNAキャプチャープローブの慎重な設計が必要
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