RAP-RNA
RAP-RNA
RAP分離株のRNAシーケンスは、追加されたアンチセンスRNAプローブからのノイズにより、標準RNA-Seqとは異なります。この複合体は最初は逆架橋され、DNaseで処理されます。RNA混合物は、逆転写の前に脱リン酸化され、アダプターでライゲーションされます。RNA-cDNA複合体がまだアニーリングされている間、RNAプローブはストレプトアビジンでプルダウンされ、目的のcDNA断片をアンチセンスプローブから分離します。cDNA断片の精製後、シーケンス前に2番目のアダプターをライゲーションし、PCRで増幅します。
長所：
- lncRNAターゲットのゲノムマッピング
- 精製産物からRNAとDNAのシーケンスが可能
- RNAプローブ長が長いため、ターゲットのlncRNA 1に高い結合親和性が得られます
- lncRNA複合体の精製後のRNAシーケンス中の最小限の増幅ステップ
短所：
- RNAシーケンスを事前に知っておく必要があります
- Boque-Sastre R., Soler M., Oliveira-Mateos C., Portela A., Moutinho C., et al. （2015）直接のアンチセンス転写とRループ形成は転写活性化を促進します。Proc Natl Acad Sci U S A 112：5785-5790
- McHugh C. A., Chen C. K., Chow A., Surka C. F., Tran C., et al. （2015年）Xist lncRNAは、SHARPと直接相互作用し、HDAC3を介して転写をサイレンスします。自然
- Engreitz J. M., Sirokman K., McDonel P., Shishkin A. A., Surka C., et al. （2014）RNA-RNA相互作用により、初期のプレmRNAおよびクロマチン部位へのノンコーディングRNAの特異的ターゲティングが可能になります。セル159：188-199