ラプチャー
ラプチャー
Restriction-site associated DNA capture（Rapture）は、RAD-Seqとシーケンスキャプチャーを組み合わせ、多数のサンプル間で複数の関心遺伝子を比較する超並列ターゲットDNAシーケンス技術です。ターゲットシーケンスは、目的の遺伝子座付近の制限酵素部位を特異的に同定することに基づいています。
ゲノムDNAサンプルは個々のウェルプレートにプールされ、選択された制限酵素で消化されます。各プレートのすべてのウェルをプールする前に、よく特異的なバーコードを持つビオチン化RADアダプターを粘着性の末端にライゲーションします。次に、バーコード化されたDNA断片がランダムに断片化され、ストレプトアビジンビーズに結合します。ここでも、制限酵素を使用して、ストレプトアビジンビーズから断片を切断し、プレート固有のバーコードラベル付きの標準的なDNAライブラリー調製キットで使用します。現在、両方のプレートのライブラリーをプールし、各RADタグに特異的なビオチン化ベイトオリゴとハイブリダイズした後、ストレプトアビジンの最終プルダウンを行います。単離されたDNA断片は、そのRADタグ、プレートバーコード、およびウェルバーコードに従ってシーケンスおよび配置されます。
長所：
- SNP同定のための大規模並列ターゲットDNAシーケンス
- RAD-Seqと比較して、マッピングされた断片数と遺伝子座カバレッジが向上
短所：
- 実験前にRADタグを指定する必要があります
- 制限カット部位に近いシーケンスに対するバイアス