SCRB-Seq
SCRB-Seq
SCRB-Seqはコスト効率の高いマルチプレックスシングルセルmRNAシーケンス技術です。
SCRB-Seqは、FACSを使用してシングルセルをウェルに分離します。細胞溶解後、ポリ（A）+ mRNAは、ポリ（T）管、UMI、ウェルバーコード、およびビオチンを含むカスタムプライマーにアニーリングされます。テンプレートスイッチングRTおよびPCR増幅反応はmRNA上で実行され、バーコード付きの全長cDNAを生成します。すべてのウェルのcDNA鎖は、精製するためにプールされます。これらはPCR増幅され、さらに精製されます。cDNAライブラリーは、Nextera XTライブラリー調製プロトコールを用いて、修飾i5プライマーを用いて調製します。得られたcDNA断片は、300～800 bpのサイズに選択され、シーケンスされます。
長所：
- コスト効率の高いハイスループットシングルセルトランスクリプトームプロファイリング
- 一般的なscRNA-Seq技術と比較して高感度の遺伝子検出結果1
短所：
- テンプレートスイッチングRTは、完全長mRNAに大きく偏っています2
- SCRB-Seq：Soumillon M.、Cacchiarelli D.、Semrau S.、van Oudenaarden A.、およびMikkelsen T. S.（2014年）。ハイスループットシングルセルRNA-Seq. bioRxivによる指向性分化の特性評価
- 1. Ziegenhain C., Parekh S., Vieth B., Smets M., Leonhardt H., et al. （2016）シングルセルRNAシーケンス法の比較解析。bioRxiv
- 2. Shapiro E.、Biezuner T.、Linnarsson S.（2013年）シングルセルシーケンスベースのテクノロジーは、全生物科学に革命をもたらします。Nat Rev Genet 14：618-630