SLAF-Seq
SLAF-Seq
特定遺伝子座増幅断片シーケンス（SLAF-seq）はddRADseqの最適化されたバージョンで、特に大規模なジェノタイピング実験を対象としています。
制限断片の酵素とサイズは、均等な分布を確保し、反復を避けるためにトレーニングデータで最適化されています。また、断片は、PCR反応を最適化するために狭い範囲で選択されます。プロトコールはddRADに似ています。例えば、MseIによる1回目の消化、熱不活性化、AluIによる2回目の消化などです。得られた断片はPCR増幅され、アダプターが添加され、断片が精製されます。
長所：
- ジェノタイピング精度のためのディープシーケンス
- シーケンスコストを削減するための表現戦略の削減
- マーカー効率を最適化するための事前設計の低発現スキーム
- 大規模集団向けのダブルバーコードシステム
短所：
- 全ゲノムをカバーしない
- Zhao X., Huang L., Zhang X., Wang J., Yan D., et al. （2016年）SSRとSLAF-seqを用いた、果樹園における高密度遺伝子連鎖マップの構築と花咲き時間QTLの同定。科学専門家6：29345
- Geng X., Jiang C., Yang J., Wang L., Wu X., et al. （2016）Brassica napusにおけるSLAF-Seq法を用いた種子体重の候補遺伝子の迅速な同定。PLoS One 11：e0147580
- Zhang J., Yuan H., Li M., Li Y., Wang Y., et al. （2016）特定長増幅断片シーケンス（SLAF-seq）を使用したTetraploid Salix matsudanaの高密度遺伝子マップ。PLoS One 11：e0157777
- Wei Q. Z., Fu W. Y., Wang Y. Z., Qin X. D., Wang J., et al. （2016）次世代シーケンサー（NGS）ベースのQTL解析を用いたキュウリ（Cucumis sativus L.）の果物長遺伝子座の迅速な同定。科学専門家6：27496
- Xu X., Chao J., Cheng X., Wang R., Sun B., et al. （2016年）特定の長さの増幅断片シーケンス戦略と組み合わせたバルク分離剤解析を使用した、ペッパー（Capsicum annuum）のPhytophthora Rootに対する新しい人種特異的耐性遺伝子のマッピング。PLoS One 11：e0151401
- Ye Y., Cai M., Ju Y., Jiao Y., Feng L., et al. （2016）ラガーストロミアにおけるSLAF-Seqテクノロジーを使用した、ドワーフ形質に関連するSNPマーカーの同定と検証。PLoS One 11：e0158970
- Zhang H., Yi H., Wu M., Zhang Y., Zhang X., et al. （2016年）"Fengwei Melon"（Cucumis melo L.）におけるフレーバー寄与特性のマッピング 親リシーケンスと超バルク分離体解析を用いた染色体。PLoS One 11：e0148150
- Cai C., Cheng F. Y., Wu J., Zhong Y. and Liu G. (2015) The First High-Density Genetic Map Construction in Tree Peony（Paeonia Sect. Moutan）を、特定遺伝子座増幅断片シーケンスによるジェノタイピングで解析しました。PLoS One 10：e0128584
- Ma J. Q., Huang L., Ma C. L., Jin J. Q., Li C. F., et al. （2015年）特定ローカス増幅断片シーケンス（SLAF-seq）を使用したティープラントの高密度遺伝子マップを構築するための大規模SNPの発見とジェノタイピング。PLoS One 10：e0128798
- Qin D., Dong J., Xu F., Guo G., Ge S., et al. （2015）SSRアッセイと特異的長さ増幅断片シーケンスに基づくバルク分離分析による、新規大麦ステージGreen-Revertible Albino Gene（HvSGRA）の特性評価と微細マッピング。BMC Genomics 16：838
- Shan T., Pang S., Li J., Li X. and Su L. (2015) 特定長増幅断片（SLAF）シーケンスによる大規模マーカー開発に基づく、褐色藻類Undaria pinnatifida（Phaeophyceae）の高密度遺伝子マップの構築と性関連遺伝子座のマッピング。BMC Genomics 16：902
- Wang J., Zhang K., Zhang X., Yan G., Zhou Y., et al. （2015年）商用Sweet Cherry Linkage Mapの構築と、Trunk DiameterのQTL解析。PLoS One 10：e0141261
- Wang W., Zhang T., Zhang G., Wang J., Han K., et al. （2015）SLAF-seqテクノロジーに基づく、ジンハイイエローニワトリにおけるNDVおよびIBVに対する抗体レベルの応答に関するゲノムワイド関連解析。J Appl Genet 56：365-373
- Xu F., Sun X., Chen Y., Huang Y., Tong C., et al. （2015年）稲妻の穀物重量に関連する主要なQTLの迅速な同定とその利用。PLoS One 10：e0122206
- Xu X., Lu L., Zhu B., Xu Q., Qi X., et al. （2015年）SLAF-seqによるキュウリの果肉厚のQTLマッピング。Sci Rep 5：15829
- Xu Y., Huang L., Ji D., Chen C., Zheng H., et al. （2015年）Pyropia haitanensis（Bangiales、Rhodophyta）の2倍のハプロイド集団の経済的形質のための高密度遺伝子連鎖マップの構築と定量的形質遺伝子座のマッピング。BMC Plant Biol 15：228
- Zhang J., Zhang Q., Cheng T., Yang W., Pan H., et al. （2015年）高密度遺伝子マップの構築と、装飾的なウッディ植物（Prunus mume Sieb. et Zucc）のウィーピング形質を制御する遺伝子座の同定。DNA Res
- Zhang Y., Zhang J., Huang L., Gao A., Zhang J., et al. （2015）特定遺伝子座増幅断片シーケンス（SLAF-seq）に基づくAgropyron Gaertn.のPゲノムの高密度遺伝子マップ。プランタ