Smart-Seq2

Smart-Seq2

メソッドカテゴリー:トランスクリプトーム>RNA低レベル検出

説明:  Smart-Seq2では、単一細胞は、遊離dNTPとオリゴ(dT)テールオリゴヌクレオチドを含むバッファー中で溶解され、ユニバーサル5'アンカーシーケンスを持ちます。RTが実施され、cDNA 3′末端に2~5個の未温度ヌクレオチドが付加されます。テンプレートスイッチングオリゴ(TSO)を添加し、2つのリボグアノシンと修飾グアノシンを運搬して、3’末端の最後の塩基としてLNAを生成します。一本鎖反応の後、cDNAは限られたサイクル数で増幅されます。次に、タグメンテーションを使用して、増幅されたcDNAからシーケンスライブラリーを迅速かつ効率的に構築します。

長所:
  • わずか50 pgの出発物質を使用できます
  • mRNAの配列がわかっている必要はありません
  • 転写産物全体のカバレッジの向上
  • 高レベルのマッピング可能なリード
短所:
  • 鎖特異的ではない
  • 早期マルチプレックスなし1
  • 転写産物長バイアス、4 Kbを超えるリードの非効率的な転写2
  • 高存在量の転写産物の優先増幅
  • 精製ステップは、材料の損失につながる可能性があります
  • 鎖浸潤バイアスの影響を受ける可能性がある3