SUPeR-Seq
SUPeR-Seq
SinSUPeR-Seqは、単一細胞から非ポリ（A）RNAおよびポリ（A）RNAをシーケンスします。特に円形RNA（circRNA）種のマッピング用に設計されています。
溶解した単一細胞からのRNAサンプルは、ユニバーサルアンカーシーケンス（AnchorX-T15N6）を用いてランダムプライマーにアニーリングし、逆転写してcDNAの最初の鎖を生成します。未反応のプライマーは、プライマーダイマーを避けるために消化されます。次に、ポリ（A）管を、それぞれ100:1の比率でdATPおよびddATPを導入することにより、cDNAの3'末端に添加します。2番目のランダムプライマーセットは、ユニバーサルアンカーシーケンス（AnchorY-T24）も使用して、新たに合成されたポリ（A）管にアニーリングします。2番目のcDNA鎖はRTによって生成され、cDNAはゲル電気泳動によって精製されます。精製されたcDNA分子は、TruSeq DNAライブラリー調製プロトコールによって調製され、シーケンスされた5'-アミン末端プライマーを使用してPCR増幅されます。circRNAは、リファレンスゲノムの遠位にあるが、1つの逆位でデータセット内で互いに隣接する2つのエクソンリードを見つけることによってデータセットから識別され、RNAの循環を意味します。
長所：
- シングルセルからcircRNAを同定
- アンカーシーケンスでランダムプライマーを使用することで3'バイアスを回避
- ランダムプライマーにより新規circRNAを同定できる
短所：
- circRNAを同定するためのデータセット解析に依拠