T-WGBS
T-WGBS
タグメンテーションベースの全ゲノムバイサルファイトシーケンス（T-WGBS）は、エピセンターTn5トランスポソームとバイサルファイト変換を利用して5mCを研究するプロトコールです。この方法では、DNAをメチル化プライマーを含むTn5トランスポソームとインキュベートし、DNAを断片化してアダプターをライゲーションします。タグ付DNAは最初にオリゴ置換を受け、続いてメチル化オリゴ置換とギャップ修復が行われ、タグ付DNAへのメチル化アダプターの添加が保証されます。その後、DNAを亜硫酸水素ナトリウムで処理し、PCR増幅し、シーケンスします。ディープシーケンスでは、ゲノム内で5mCの単一塩基分解能が得られます。
長所：
- 非常に限られた出発物質（～20 ng）でサンプルをシーケンス可能
- 少ないステップで迅速なプロトコール
- 複数のステップをなくすことでDNAの喪失を防ぐ
短所：
- バイサルファイトは、非メチル化シトシンをチミジンに変換し、配列の複雑さを軽減し、アライメントの作成を困難にします
- シトシンがチミジンに変換されるSNPは、バイサルファイト変換時に見逃されます
- 亜硫酸水素塩変換では、5mCと5hmCは区別されません