ペアエンドシーケンスとシングルリードシーケンスの利点

この2種類のシーケンスリードの主な違いを理解してください

ペアエンドシーケンスとシングルリードシーケンスの比較

ペアエンドシーケンスでは、断片の両端をシーケンスすることができ、クオリティが高くアライメント可能なシーケンスデータが得られます。 ペアエンドシーケンスでは、ゲノム再編成および反復配列要素、そして遺伝子融合や新規転写産物の検出が簡単になります。

ペアエンドリードではリファレンスとアライメントできる可能性が高くなるため、全データセットのクオリティが向上します。 イルミナの次世代シーケンサー(NGS)システムはすべてペアエンドシーケンスに対応しています。

ペアエンドシーケンス
  • シンプルなペアエンドライブラリー: シンプルなワークフローにより他にないインサートサイズの範囲を得ることができます。
  • 効率的なサンプル使用: シングルリードのgDNAやcDNAシーケンスと同じ量のDNAを使用します。
  • 幅広いアプリケーションに対応: DNAのメチル化や制限酵素消化は不要で、バイサルファイトシーケンスに使用できます。
  • シンプルなデータ解析: ショートインサートライブラリーでさらにハイクオリティなシーケンスアセンブル 標準的なシングルリードライブラリー調製プロセスに簡単な変更を加えることにより、1回のペアエンドリードにおける各クラスターのテンプレート鎖のフォワードリードとリバースリードの両方が容易になります。 両リードには広範囲の位置情報が含まれているため、リードを高い精度でアライメントすることが可能になります。
次世代シーケンステクノロジーのご紹介

次世代シーケンステクノロジーのご紹介では、ゲノム科学の進化、シーケンステクノロジーにおける主な進展、主要な方法、イルミナシーケンスケミストリーの基本などをご説明します。

PDFをダウンロード

ペアエンドDNAシーケンスリードでは、反復配列が含まれるDNA領域でも卓越したアライメントが可能であり、コンセンサスシーケンスのギャップを埋めることでde novoシーケンスで得られるコンティグが長くなります。 ペアエンドDNAシーケンスでは、挿入、欠失、および逆位などの再編成も検出できます。

DNAシーケンスの方法

DNAシーケンスは、さまざまな方法を用いることで小さなターゲット領域や全ゲノムに利用できます。

詳細はこちら

ペアエンドRNAシーケンス(RNA-Seq)は、がんにおける遺伝子融合の検出や新規スプライスアイソフォームの特性解析などの探索的アプリケーションを実施できます。

ペアエンドRNA-Seqの場合、TruSeq RNA Library Prep Kitを代替の断片化手法で使用し、その後、イルミナの共通技術でるペアエンドクラスター形成およびシーケンスを実施します。

mRNA-Seqライブラリーには、以下を使用します:
Stranded total RNAライブラリー調製には、以下を使用します:
RNA-Seqの概要

本解析法では、生物学の理解を深めるためのトランスクリプトームのコーディング領域および非コーディング領域の高解像度表示が得られます。

詳細はこちら

シングルリードシーケンスは、DNAを一端からのみシーケンスし、イルミナシーケンスを利用する最もシンプルな方法です。 このソリューションは、独自の可逆的ターミネーター法ケミストリーと新しいポリメラーゼを利用することで、大量の高品質データを迅速かつ経済的に得ることができます。

シングルリードシーケンスの特長
  • シンプルなライブラリー調製: 汎用的なな分子生物学手法を採用しており、自動化ソリューションに対応しています。
  • 少ないインプットDNA所要量: 必要なゲノムDNAまたはcDNAの量は100 ng程度
  • 経済的: 従来のサンガー法と比べてコストは100分の1
  • シンプルなデータ解析: ショートインサートライブラリーで高いクオリティのシーケンスアセンブル
ライブラリー調製

革新的かつ包括的なライブラリー調製ソリューションは、イルミナシーケンスワークフローの重要な要素です。

ライブラリー調製についてはこちら
電子メールにて最新のニュース、事例研究、アプリケーション情報をご提供します。ぜひご登録ください。
シーケンステクノロジーのビデオ
シーケンステクノロジーのビデオ

SBSテクノロジーを動画でご覧ください。

ビデオを見る
シーケンスプラットフォーム選択ツール
シーケンスプラットフォーム選択ツール

イルミナシーケンスシステムのスピードとスループットを比較して、お客様のラボに最適なプラットフォームを見つけてください。

ツールを使う