ペアエンドシーケンスとシングルリードシーケンス
ペアエンドシーケンスとシングルリードシーケンスの違いは何ですか？
シングルリードシーケンスでは、一端のみからDNAをシーケンスします。これはイルミナのシーケンスを利用する最も簡単な方法です。シングルリードシーケンスとは異なり、ペアエンドシーケンスでは、断片の両端をシーケンスし、高品質でアライメント可能なシーケンスデータを生成できます。ペアエンドシーケンスは、遺伝子融合や新規転写産物だけでなく、ゲノム再構成や反復配列要素の検出を容易にします。
ライブラリー調製において、同じ時間と労力で2倍のリード数を生成することに加えて、リードペアとしてアライメントされたシーケンスにより、より正確なリードアライメントが可能になり、シングルリードデータではより困難な挿入欠失（indel）バリアントを検出することができます。1 すべてのイルミナ次世代シーケンス（NGS）システムはペアエンドシーケンスが可能です。
ペアエンドシーケンスとシングルエンドシーケンスの利点
ペアエンドシーケンス
- シンプルなペアエンドライブラリー：シンプルなワークフローにより、さまざまなインサートサイズを生成可能
- 効率的なサンプル使用：シングルリードゲノムDNAまたはcDNAシーケンスと同量のDNAが必要
- 幅広いアプリケーション：DNAのメチル化や制限消化が不要で、バイサルファイトシーケンスに使用できます
- シンプルなデータ解析：ショートインサートライブラリーで高品質のシーケンスアセンブリ を可能にします。標準的なシングルリードライブラリー調製プロセスに簡単な変更を加えることで、ペアエンドリード中に各クラスターのフォワードテンプレート鎖とリバーステンプレート鎖の両方を読み取りやすくなります。どちらのリードにも長距離の位置情報が含まれており、リードの高精度なアライメントが可能です。
シングルリードシーケンス
- 費用対効果の高い用途：このソリューションは、迅速かつ経済的に大量の高品質データを提供します
- 特定のアプリケーション：シングルリードシーケンスは、Small RNA-Seqやクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）などの特定の手法に適しています。
ゲノムおよびトランスクリプトミクスペアエンドシーケンス
ペアエンドDNAシーケンス
ペアエンドDNAシーケンスリードは、反復シーケンスを含むDNA領域全体で高品質のアライメントを提供し、コンセンサスシーケンスのギャップを埋めることでde novoシーケンス用の長いコンティグを生成します。ペアエンドDNAシーケンスでは、挿入、欠失、反転などの一般的なDNA再構成も検出します。
ペアエンドRNAシーケンス
ペアエンドRNAシーケンス（RNA-Seq）は、がんにおける遺伝子融合の検出や新規スプライスアイソフォームの特性解析などの発見アプリケーションを可能にします。2
ペアエンドRNA-Seqの場合、イルミナは代替の断片化プロトコールのキットを提供し、その後に標準的なイルミナのペアエンドクラスターの生成とシーケンスが続きます。
主な製品
Illumina Stranded mRNA Prep
コーディングトランスクリプトームを解析するためのシンプルで拡張性があり、費用対効果が高く、迅速な1日ソリューション。
Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
コーディングおよびノンコーディングトランスクリプトーム研究用の広範な種類のサンプルから迅速にライブラリーを調製して、非常に優れた柔軟性を持って研究を行うことができます。
遺伝子発現と制御研究による影響力の高い発見
単一細胞および空間RNA-Seq、タンパク質、クロマチン、メチル化解析などの相補的技術とともに、RNAシーケンス技術が、生物学と疾患の理解にどのように影響しているかを探ります。
その他のアプリケーションと手法
イルミナシーケンスの紹介
この概要ではシーケンステクノロジーにおける主な進展、主な手法、イルミナシーケンスケミストリーの基本などをご説明します。
NGSシーケンスによるChIPアッセイ
ChIP-Seqを用いて、ゲノムワイドな偏りのない遺伝子制御の洞察を得る方法をご覧ください。
DNAシーケンスの方法
さまざまな方法で、DNAシーケンスを小さなターゲット領域やゲノム全体に応用する方法をご覧ください。
RNA-Seqの概要
RNA-Seqがトランスクリプトームのコーディング領域とノンコーディング領域の高解像度ビューをどのように提供し、生物学をより深く理解しているかをご覧ください。
シーケンスリード長
適切なシーケンスリード長の選択は、サンプルタイプ、アプリケーション、カバレッジ要件によって異なります。シーケンスランに適したリード長の計算方法を学びます。
シングルリードシーケンス
シングルリードシーケンスは、一端のみのDNAシーケンスであり、イルミナシーケンスを利用する最もシンプルな方法です。このソリューションは、迅速かつ経済的に大量の高品質データを提供します。シングルリードシーケンスは、Small RNA-Seqやクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）などの特定の手法に適しています。
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補足資料
合成によるイルミナシーケンス（SBS）
動作中のSBSテクノロジーを見る
シーケンスプラットフォーム選択ツール
イルミナのシーケンスシステムの速度とスループットを比較して、ラボに最適な装置を見つけてください。
ショートペアリードとロングシングルリードの比較
この論文では、同じシーケンス長の長いシングルリードと比較した場合のショートパリードリードの利点について学びます。
ライブラリー調製
革新的で包括的なライブラリー調製ソリューションは、イルミナのシーケンスワークフローの重要な部分です。
参考文献
- Nakazato T, Ohta T, Bono H. Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive. PLoS One. 2013;8(10):e77910。
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.