要旨
2022年1月現在、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）は全世界で累計3億5千万人の患者を出し、550万人以上の死者を出している1)。その原因となる新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は30k程度の塩基長のRNAウイルスとして知られており、COVID-19発生時よりウイルスの全ゲノム配列の解析が行われ変異株の追跡などがリアルタイムで行われてきた。現在は、750万以上のゲノム配列が国際データベースにアップロードされており2)、その75%以上がイルミナの次世代シーケンサー(NGS)から供出されたデータである3)。
日本のゲノム解析は全患者の最低5-10%を保つように進められており、日本国内でも変異株の解析にイルミナのNGSが多数使用されるようになってきた。イルミナでは、2020年12月にCOVIDSeq™ テストを上市したが2021年半ばに小パッケージのCOVIDSeq™ Assayをリリースして、ベンチトップNGSユーザーのニーズ、小規模での解析を可能にしている。COVIDSeq™製品は世界標準となっているARTIC networkのプロトコール4)に準拠しておりゲノム全体をアンプリコンに分けて増幅し解析する。また、DRAGENサーバー、BaseSpace Sequence Hubクラウドを使用して解析レポートまでの作成が可能である。
本ウェビナーではCOVIDSeq™ Assayの特徴、およびワークフローについてご説明するとともに、ARTIC v4 primerに準拠した新製品のプライマープールについても触れる。
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