ブレス

ブレス

BLESSは、ヌクレオチド分解能でDSBをマッピングするゲノムワイドなアプローチです。BLESSは、テロメア末端、Sceエンドヌクレアーゼ誘発性DSB、およびゲノム全体の複雑なDSBランドスケープを検出できます。この方法では、DSBは、ビオチンに共有結合した近位リンカーにin situでライゲーションされます。gDNAを抽出して断片化し、標識された断片をストレプトアビジンビーズに捕捉します。次に、遠位リンカーが捕捉された断片の自由端にライゲーションされます。断片は、I-SceIおよびPCR増幅によるリンカー消化によって放出されます。

長所:
  • ヌクレオチド分解能でDSBを検出
  • バイアスの原因であるDSBに結合するタンパク質に依存しない
  • バイアスの原因である一本鎖DNA(ssDNA)に依存しない
短所:
  • 高いバックグラウンド、結合されていない末端のマップのみ1
  • 細胞固定に関連するアーチファクトに感受性2