NET-Seq
キャッチイット
CATCH-ITは、ゲノム全体のヌクレオソームターンオーバーダイナミクスを測定するための直接法です。この方法では、ビオチンと新たに取り込まれたヒストンを含むヌクレオソームを結合するメチオニンサロゲートアジドホモアラニン（Aha）で細胞を短時間処理します。標識クロマチンはストレプトアビジンでアフィニティー精製され、非ヒストンタンパク質を除去するために厳密に洗浄され、タイリングマイクロアレイを使用して解析されます。
長所：
- ゲノム全体のヌクレオソームターンオーバーの違いを判定できる
短所：
- 潜在的なアーチファクト
- Perez-Lluch S., Blanco E., Tilgner H., et al. 発生的に制御された遺伝子に活性クロマチンの標準的マークがない。Nat Genet. 2015;47:1158-1167
- Skene P. J.、Hernandez A. E.、Groudine M.、Henikoff S。RNAポリメラーゼIIによるプロモーターエスケープに対するヌクレオソームバリアは、クロマチンリモデラーChd1によって克服されます。Elife. 2014;3:e02042
- Weber C. M.、Ramachandran S.、およびHenikoff S. Nucleosomesは、RNAポリメラーゼに対する文脈特異的なH2A .Z調節バリアです。モルセル。2014;53:819-830
- Teves S. S.およびHenikoff S. Transcriptionにより生成されたねじり応力はヌクレオソームを不安定にします。Nat Struct Mol Biol. 2014;21:88-94
- Yildirim O., Hung J. H., Cedeno R. J., Weng Z., Lengner C. J. and Rando O. J. ES細胞におけるゲノムワイドヒストンバリアントダイナミクスのシステムは、プロモーターにおける動的なMacroH2A2置換を明らかにします。PLoS Genet. 2014;10:e1004515