サイエンスと学習

NET-Seq

Chem-Seq

Chem-seqは、治療薬などの低分子リガンドとゲノムに関連するタンパク質との結合を検出するために使用できます。この情報は、低分子薬物による細胞機能の摂動に関する重要な洞察を提供する可能性があります。Chem-seq法では2つのアプローチを使用します。生細胞では、ビオチン化薬物を添加して薬物-標的結合を可能にします。複合体はホルムアルデヒドと架橋され、細胞は溶解および超音波処理され、ストレプトアビジンビーズ上に捕捉されます。濃縮されたDNA断片は精製され、シーケンスされます。in vitro解析では、ビオチン化薬剤を細胞抽出液に添加し、残りのステップはin vivo手順と同様に実施します。

長所：
  • 生細胞、ヒト細胞に適用可能
短所：
  • ビオチン誘導体の生成は薬物活性を変化させる可能性がある
  1. Anders L., Guenther M. G., Qi J., et al. 低分子のゲノムワイドな局在化。Nat Biotechnol. 2014;32:92-96
  2. Jin C., Yang L., Xie M., et al. Chem-seqは、機能表現型スクリーニングによって選択されたアンドロゲン受容体制御に対する薬物のゲノムターゲットの同定を可能にします。Proc Natl Acad Sci U S A. 2014;111:9235-9240
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