ChIA-PET
ChIA-PET
ChIA-PETは、Hi-C 1と同様に、長距離DNA相互作用をマッピングする免疫沈降ステップを特徴としています。この方法では、DNA-タンパク質複合体は架橋され断片化されます。特定の抗体は、目的のタンパク質の免疫沈降に使用されます。固有のバーコードを持つ2組のリンカーが別々のアリコートでDNA断片の末端にライゲーションされ、その後近接度に基づいて自己ライゲーションされます。DNAアリコートを沈殿させ、制限酵素で消化し、シーケンスします。ディープシーケンスでは、ライゲーションされた断片の塩基対分解能が得られます。Hi-CおよびChIA-PETは現在、ヒトゲノムにおける解像度と妥当なカバレッジの最適なバランスを提供し、長距離相互作用をマッピングします2。
高度またはロングリードChIA-PETと呼ばれる修正プロトコールは、Tangら3によって発表されています。この方法は、2つの別個のライゲーション反応を2つのハーフリンカーと1つのビオチン化リンカーライゲーションで置き換えます。次に、脱クロスリンクされた精製されたDNAを断片化し、アダプターをTn5トランスポサーゼで1ステップでライゲーションします。最後に、DNAはPCR増幅され、シーケンスされます4。
長所：
- 長距離と短距離の両方のクロマチン相互作用を世界的に検出するのに適しています5
- 特定のタンパク質またはタンパク質複合体による相互作用を研究する
- ENCODE Project 6では、公開ChIA-PETデータセットを利用できます。
- 従来のChIPアッセイで得られたバックグラウンドを除去します
- 免疫沈降ステップによりデータの複雑さを軽減
短所：
- 必要な出発物質が多く、一般的には1億セル以上必要 7
- 非特異的抗体は不要なタンパク質複合体をプルダウンし、プールを汚染する可能性があります
- リンカーは自己ライゲーションが可能で、真のDNA相互作用に関する曖昧さを生じさせます
- 感度は限られており、わずか10%の相互作用しか検出できない
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