Cyto-Seq
CytoSeq
CytoSeqは、数千の単一細胞の遺伝子発現プロファイリングを可能にします。この方法では、単一細胞がウェルにランダムに沈着します。特定のキャプチャープローブを持つビーズのコンビナトリアルライブラリーを各ウェルに添加します。細胞溶解後、mRNAはビーズにハイブリダイズし、その後、RT、増幅、シーケンスのためにプールされます。ディープシーケンスは、複数の単一細胞の正確で高いカバレッジの遺伝子発現プロファイルを提供します。
同様の方法：CEL-Seq、Quartz-Seq、MARS-Seq、inDrop、Hi-SCL。
長所：
- 10,000または100,000のセルに容易に拡張可能
- 蛍光または質量分析ベースのサイトメトリーを補完し、その能力を拡大します
- 抗体の可用性に限界なく転写されたmRNAを検出
- 従来のフローサイトメトリーでは細胞が不足している小さなサンプルで、希少な細胞特性評価が可能
- 不均一な細胞サイズと形状の複雑なサンプルの直接解析が可能
短所：
- シーケンス深度には多数のリードが必要です（例：1細胞あたり200,000トランスクリプトは10Xカバレッジで200万リードを必要とします：1,000細胞で20億リード）
- シングルランは比較的高価で時間がかかる場合があります
- シーケンス深度と差次的遺伝子発現のトレードオフ
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