ddRADSeq
ddRADSeq
メソッドカテゴリー：ゲノム>再配列とマーカー
説明： ddRADとも呼ばれるダブルダイジェスト制限部位関連DNA（ddRADseq）は、SNPの発見とジェノタイピングに使用されるRADシーケンスプロトコールのバリエーションです。、このバリエーションでは、断片のせん断は、サイズ選択ステップの調節性および精度を改善するために、第二の制限消化に置き換えられます。プロトコルには、コンビナトリアルインデックスを可能にする2番目のインデックスも含まれています。特定のアプリケーションに対応するために、いくつかのRADバリエーション2b-RAD、SLAF-seq、およびhyRADが開発されており、RADデータの解析に使用できる複数のソフトウェアパッケージがあります。
この方法では、ゲノムDNAはまず制限酵素で消化され、バーコード化されたP1アダプターが断片にライゲーションされます。異なるサンプルからのアダプターライゲーション断片は、サンプルがマルチプレックス化され、DNAが2番目の制限酵素によって消化された場合に組み合わせられます。断片はサイズ選択され、精製されます。次に、P2プライマーをライゲーションし、断片を増幅します。
長所：
- リファレンスゲノムは不要1
- 全ゲノムシーケンスに比べて比較的安価
- さまざまな制限酵素を選択することで、ゲノムカバレッジの程度を調整できます
短所：
- ゲノムカバレッジにギャップがある可能性がある
- 高品質のDNAが必要（低品質DNAについてはhyRADを参照）
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関連出版物
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