デュプレックスシーケンス

デュプレックスシーケンス

デュプレックスシーケンスは、シーケンス精度を向上させるタグベースのエラー訂正法です。この方法では、アダプター(プライマーシーケンスとランダムな12 bpインデックスを使用)をテンプレートにライゲーションし、PCRを用いて増幅します。ディープシーケンスは、すべての固有の分子タグからコンセンサスシーケンス情報を提供します。分子タグとシーケンスプライマーに基づいて、二本鎖シーケンスをアライメントし、各DNA鎖の真のシーケンスを決定します。

長所:
  • デュプレックスタグシステムによる非常に低いエラー率
  • PCR増幅エラーを検出し、解析から削除することができます
  • アダプターを追加した後のライブラリー調製手順は不要
短所:
  • PCR増幅エラー
  • 非線形PCR増幅は、再現性に影響を与えるバイアスにつながる可能性があります
  • PCRバイアスはGCリッチなテンプレートを過小評価する可能性がある