GRO-Seq/BRIC-Seq/Bru-Seq/BruChase-Seq
GRO-Seq/BRIC-Seq/Bru-Seq/BruChase-Seq
GRO-Seqは転写活性RNAポリメラーゼII（RNAPII）の結合部位をマッピングします。この方法では、活性RNAPIIを5-ブロモウリジン5'-三リン酸（Br-UTP）の存在下でランオンすることができます。RNAは、5-ブロモ-2-デオキシウリジン（BrdU）に対する抗体でコーティングされたビーズを使用して加水分解および精製されます。キャップの取り外しとエンドリペアの後、溶出したRNAはcDNAに逆転写されます。cDNAのディープシーケンスにより、RNAPIIによって能動的に転写されるRNAが同定されます。
長所：
- 転写に関与するRNAポリメラーゼの位置をマッピング
- 転写部位の相対活性を判定
- センス転写とアンチセンス転写を検出
- ゲノム上のあらゆる場所で転写を検出
- 転写部位の事前知識は必要ありません
- エンハンサーおよびプロモーター関連RNAの堅牢なカバレッジを提供1
短所：
- 標識ヌクレオチドの存在下でのインキュベーションの必要性から、細胞培養およびその他の人工システムに限定
- アーチファクトは、核2 i の調製中に導入される場合があります。
- ランオンステップ中に新しい開始イベントが発生する場合があります
- 物理的障害はポリメラーゼを阻害します
- 解像度はわずか30～100 nt 3
- 18 nt以上の新生RNAが必要4
- GRO-Seq：Core L. J., Waterfall J. J. and Lis J. T. (2008) Nascent RNAシーケンスは、ヒトプロモーターにおける広範な一時停止と発散性を明らかにしています。Science 322：1845-1848
- BRIC-Seq：Tani H., Mizutani R., Salam K. A., Tano K., Ijiri K., et al. （2012年）RNA安定性のゲノムワイドな判定により、哺乳類における数百の短い寿命のノンコーディング転写産物が明らかになりました。ゲノムRes 22：947-956
- Bru-Seq / BruChase-Seq：Paulsen M. T., Veloso A., Prasad J., Bedi K., Ljungman E. A., et al. （2013）急性TNF誘発性炎症促進反応中のRNAの合成と安定性の調整。Proc Natl Acad Sci U S A 110：2240-2245
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